PCR test na koronavirus – precizno određivanje prisustva virusa

Napomena: navedeni tekst je informativnog i edukativnog karaktera.

U Srbiji, PCR test na novi koronavirus rade se isključivo u državnim laboratorijama.

Tekst napisao: Prof. Dr Oliver Stojković – genetičar, stručni konsultant Beo-lab laboratorija

Iz teksta saznajte:

• Šta je kovid-19?
• Šta izaziva kovid-19?
• Šta se dešava u organizmu kada koronavirus – SARS-CoV-2  dospe u telo domaćina?
• Kako se dokazuje prisustvo infekcije izazavane koronavirusom?
• Šta je PCR test i kako se koristi za dokazivanje prisustva novog koronavirusa?
• Koliko je PCR test pouzdan?
• Koje serološke metode se koriste za dokazivanje infekcije koronavirusom?

Šta je kovid-19?

Kovid -19 ( COVID-19) je naziv nove bolesti koja se pojavila tokom decembra 2019. godine u Vuhanu u Kini, a od januara202-te je poprimila pandemijske razmere, tj. prisutna je u skoro svim zemljama u svetu, pa i u Srbiji.

Prvi slučaj ove bolesti u našoj zemlji, laboratorijski je potvrđen početkom marta 2020. godine, a za nešto više od dva meseca registrovano je više od 10.000 zaraženih.

Kod većine zaraženih, bolest se ne ispoljava, ili su klinički znaci bolesti veoma blagi. Ovakvi pacijenti ne zahtevaju nikakvo lečenje, već samoizolaciju, da bi se sprečilo zaražavanje drugih osoba.

Međutim, kod jednog broja, naročito starijih pacijenata, kao i osoba koje imaju neke druge pridružene hronične bolesti i stanja, klinička slika može biti veoma teška i zahteva bolničko lečenje u specijalizovanim tzv. “kovid bolnicama”.

Šta izaziva kovid-19?

Ovu bolest izaziva virus SARS-CoV-2 ili “novi koronavirus”.

Virusi su infektivne čestice koje u ćelijama domaćina mogu da se reprodukuju.

SARS-CoV-2 virus je čestica veličine oko 100 nanometara (dakle 10 hiljada puta manja od milimetra), koja se sastoji od masne kapi unutar koje je genetički materijal.

Na površini ove masne kapi nalaze se tri vrste proteina, označene slovima S, M i E, od kojih je najkarakterističniji i najveći protein „S“.

Protein S, veličine oko 10 nanometara, štrči sa površine virusa, tako da virus podseća na loptu za pilates.

Pomoću ovog proteina, virus prepoznaje odgovarajuće ćelije domaćina, a to su ćelije sluzokože gornjih disajnih puteva (nosa i ždrela), kao i ćelije donjih disajnih puteva (koje u plućima oblažu vazdušne kesice – alveole, u kojima se obavlja razmena gasova).

Šta se dešava u organizmu kada SARS-CoV-2  dospe u telo domaćina?

Nakon što ostvari kontakt sa ćelijom domaćina, virus ubacuje svoj genetički materijal u ćeliju. Genetički materijal koronavirusa je molekul RNK, koji nosi inoformaciju za sintezu tridesetak različitih virusnih proteina.

Ovi proteini pomažu da se u ćeliji domaćinu naprave nove kopije virusa. Tokom desetak časova, u ćeliji će se napraviti oko 1.000 kopija virusa, koji će izaći iz ćelije domaćina, spremni da zaraze nove ćelije.

Tipično se, već nekoliko dana nakon inficiranja, u brisu nosnog dela ždrela pacijenta zatiče oko milion do milijardu virusnih čestica.

Virus se dalje spušta u donje disajne puteve, gde može izazvati virusnu pneumoniju – upalu pluća.

Tokom tog perioda, kao i protiv drugih stranih čestica, naš organizam proizvodi antitela – imunoglobuline.

Najpre se, već nekoliko dana nakon infekcije, proizvode makroglobulini, tj. imunoglobulini klase M (IgM), a nakon toga gamaglobulini, odnosno imunoglobulini klase G (IgG).

Gamaglobulini ostaju duži period nakon infekcije (nedeljama, mesecima pa čak i godinama) i uglavnom štite organizam od ponovne infekcije.

Kako se dokazuje prisustvo infekcije izazvane koronavirusom?

Za dokazivanje prisustva infekcije koronvirusom koriste se laboratorijske metode kakve se inače primenjuju i za druge infektivne agense (viruse i bakterije). Ove metode se mogu podeliti na:

• molekularno genetičke (PCR)
• serološke (imunološke).
• mikrobiološke (antigen testovi)

Šta je PCR test i kako se koristi za dokazivanje prisustva novog koronavirusa?

PCR metoda je standardna metoda za umnožavanje i dokazivanje prisustva specifičnih gena, odnosno molekula DNK.

S obzirom na to da je genetički materijal SARS-CoV-2  virusa u formi molekula RNK, virusni geni se najpre prepisuju (procedurom koja se zove reverzna transkripcija) u molekul DNK.

Određeni virusni geni, sada u formi molekula DNK, se potom umnožavaju milijardu puta, kako bi se mogli detektovati. Ukoliko se u uzorku nalazi svega stotinak virusa, ovom metodom će se umnožiti i specifično detektovati geni karakteristični upravo za SARS-CoV-2 virus.

Prisustvo gena drugih virusa, pa čak i drugih veoma srodnih korona virusa (kao što su oni koji izazivaju običnu prehladu) se ovom metodom NEĆE detektovati. Zbog toga se kaže da je PCR test praktično 100% specifičan (jer se ne detektuju drugi virusi osim onog testiranog), kao i da je veoma senzitivan (jer se detektuje prisustvo od svega stotinak virusa u uzorku).

Ovde treba imati na umu da se bris uzet u ambulanti potapa u oko 3 mililitra medijuma, od čega se za izdvajanje virusne RNK uzima svega oko 0,3 mililitra odnosno deseti deo materijala.

Za sprovođenje samog PCR testa se uzima deseti deo od izolata virusne RNK.

Drugim rečima, PCR test detektuje prisustvo svega 1-2 kopije virusa u samom testu, što dakle odgovara sadržaju od oko 200 virusa u uzorku.

NAPOMENA:

Ukoliko je PCR test nedostupan ili zahteva suviše dugo vremena da bi se uradio, testovi na antigen (koji zadovoljavaju osnovne kriterijume Svetske zdravstvene organizacije za osetljivost i specifičnost u poređenju sa referentnim PCR testom), mogu se koristiti za dijagnozu SARS-CoV-2 infekcije.

Kad god je moguće, pozitivan test na SARS-CoV-2 antigen treba potvrditi PCR testom, koji predstavlja zlatni standard u dijagnostici infekcije izazvane novim koronavirusom.

INFO

Informiši se o dijagnostičkom Testu antigena u dijagnozi COVID-19 infekcije.

Koliko je PCR test pouzdan?

Postoji mogućnost da prilikom uzimanja brisa iz nosnog dela ždrela nije dodirnut onaj deo sluznice ždrela na kome se virusi nalazio, ili da se virus više ne nalazi u ždrelu, već da je „sišao“ u pluća. Zbog toga je moguće da se virus, inače prisutan u organizmu, ne detektuje ovim testom.

Zbog toga kažemo da je njegova klinička senzitivnost između 70-98% (u zavisnosti od grupe pacijenata kod kojih je senzitivnost testa procenjivana, tj. od faze infekcije).

Sa druge strane, analitička osetljivost (senzitivnost) testa je takva da će virus biti detektovan ukoliko je u brisu prisutan u dvestotinak kopija.

Koje serološke metode se koriste za dokazivanje infekcije koronavirusom?

Serološkim metodama detektuje se prisustvo određenih klasa imunoglobulina (IgM. IgA i IgG) u krvi (tj. serumu) pacijenata.

Postoje tri vrste ovih testova:

• Imunohromatografski (brzi) testovi,
• ELISA i
• imunofluorescentni testovi.

Ovi testovi se razlikuju po svojoj senzitivnosti i specifičnosti, a svaki proizvođač testova tokom validacije definiše ove parametre.

Uobičajeno, imunohromatografski testovi imaju senzitivnost od oko 90%, ELISA od oko 95% dok imunofluorescentni testovi imaju senzitivnost od oko 99%.

SAZNAJ VIŠE

Preporučujemo vam da pročitete i tekst: Koju informaciju pruža serološki test na SARS-CoV-2? i saznate više o serološkom testu na novi koronavirus koji je dostupan u Beo-lab laboratorijama.